菌肥是含有大量有益微生物并以这些微生物的生物化学作用来改善作物营养和生长条件为主要功效的肥料。有益微生物主要有根瘤菌（生物固氮）、解磷菌（活化土壤中难溶性磷）、解钾菌又名硅酸盐细菌（分解、释放土壤中的矿物钾）、抗生菌，如 5406 （能抑制或杀灭有害真菌和细菌、刺激作物生长和活化土壤难溶磷）和酵素菌（促进有机物转化）等。菌肥的实际肥效往往还与其中维持微生物生命活动的基质有关。

    生物肥料作为农资产品，必须在活菌数、杂菌率、有效期等方面达到一定的质量要求（NY227 94）。除了农用微生物菌剂外，还有以此为基础的复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指特定农用微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或质量的活体微生物制品。按NG/T798 2004的技术标准，液体、粉剂、颗粒等不同剂型产品的总养分（N+P2O5+K2O）含量分别不得低于4%、6%和6%，但化肥含量也不是越高越好，过高将抑制微生物活性。生物有机肥是指特定农用微生物与动植物废弃物经无害化、腐殖化处理得到的有机物料复合而成的肥料，它兼有微生物肥料和有机肥料的特点，按NY884 2004的技术标准，肥料的有机质含量不得低于25%。

    微生物肥料可以作基肥、追肥，可沟施或穴施，也可用来拌种、浸种、蘸根或叶面喷施，具体因菌肥类型而异。 

    农用菌剂亩用2公斤固态菌剂与40～60公斤腐熟有机肥混合均匀后作基肥、追肥或育苗；将固态菌剂与营养土掺匀制作营养钵，或与稀泥浆混拌，在苗木移栽前蘸根；播前将种子浸入10～20倍菌剂稀释液或用稀释液喷施，使种子与液态生物菌剂充分接触后再播种；幼苗移栽前将根系浸入稀释10～20倍的液态菌剂中，立即取出，或用上述稀释液喷施幼苗根系；将菌剂稀释100倍后用于灌根或冲施；将菌剂稀释500倍作叶面肥。

    复合微生物肥可作基肥和追肥，亩施用量10～20公斤；稀释500倍作叶面肥，按产品说明书要求喷施。

    生物有机肥可作基肥和追肥，作基肥时亩施用量约100公斤，最好配施适量农家肥；作追肥用量适当减少，较化肥提前7～10天施入，且应配施适量化肥。

    此外，当土壤氮磷钾养分含量较高或大量施用氮磷钾化肥时，根瘤菌、解磷菌、解钾菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用过量就会抑制根瘤菌的活动，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在贮存时不能与农药、化肥和过酸、过碱物质混放，不要与大量化肥或酸碱性化肥混施，土壤过酸、过碱或干旱都影响菌肥效应发挥。