家畜农家肥是有机肥生产的好原料，但如果未经充分发酵或腐熟而直接施用到作物上，则存在很大的害处：

　　1.传染病虫害

　　家畜农家肥中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响;未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害的发生。

　　另外，鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为100个/千克，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。

　　线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是最致命的隐患之一。

　　2.二次发酵烧根烧苗

　　发酵不充分的家畜农家肥被施到地里后，当发酵条件具备时，便开始二次发酵，若发酵部位离根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。

　　3.酸化果园土壤

　　家畜农家肥一般是强酸性肥料(pH值为3.6～4.7)，使用时需要发酵调节pH酸碱度。因此在果园里施用酸性家畜农家肥无异于“雪上加霜”，造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、养分吸收受阻等危害。

　　4.毒气危害

　　生粪用到地里在分解过程中会产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有抑制根系生长的作用，也是烧根的主要原因。

　　5.土壤缺氧

　　生粪中虽然含有一定的有机质，但是不发酵需要一定时间才能分解转化被利用，在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤处于暂时性的缺氧状态，从而使作物生长受到抑制。

　　6.肥效缓慢

　　未发酵腐熟的家畜农家肥中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化后，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。

　　7.重金属超标

　　目前集约化养殖使用各种饲料添加剂，添加剂中多含有铜、锌、铅等重金属元素，畜禽对微量元素的利用率通常较低，随粪尿排出体外。重金属含量随着鸡粪用量的增大而增加。

　　肥中的重金属含量过高对蔬菜生长有明显的抑制作用。当土壤中的铜、锌、铅浓度为50毫克/千克时，其对番茄根的伸长有不同程度的抑制作用，当铜、锌浓度达到400毫克/千克时，番茄根的伸长不再生长。

　　当铅浓度达到2000毫克/千克时，番茄根的伸长受到严重抑制。

　　8.利用不便利、效率低

　　未经处理的家畜农家肥，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。

　　9.氯化钠(食盐)超标

　　据统计每立方米的家畜农家肥就含有5公斤的氯化钠(食盐)，如果一亩地的氯化钠含量超过10公斤，作物将极难生长。